聚类分析

聚类分析软件(1.2版)是一个简单实用的聚类数据分析软件。通过该软件，用户可以分析相应的实验数据。该软件提供了多种数据计算方法，包括计算杂合度、计算多态性、计算欧氏距离和执行聚类计算。你可以根据实验数据的类型来选择。该软件主要用于计算杂合度、多态信息含量、遗传距离和聚类分析，适用于血型、蛋白质多态性、品种聚类等。各种数据按Nei公式(1974)进行分析计算。计算完成后，系统自动判断当前所有矩阵包含的数据，并导出为Excel文件，方便用户保存和使用。有需要的朋友可以赶紧下载试试！

软件功能

定义矩阵：定义数据矩阵的大小，用“长宽”表示，X轴方向为变化量，Y轴为数据量；用罗杰公式计算遗传距离时只需根据需要输入分类号(位数)，系统默认值为“1”。如果输入“5”“4”和“2”，则表示有5个品种，4行数据，2个基因位点。该系统支持多达255个品种和9999条数据。

输入数据：根据定义的矩阵创建一个空白矩阵；如果没有定义矩阵大小，则根据当前矩阵的大小创建一个空白矩阵。

读入数据：通过“保存矩阵”命令将保存在磁盘上的数据读入系统，系统会自动创建一个大小与之对应的矩阵，并读取所有数据。

附加数据：在当前矩阵的末尾继续添加一个保存的数据，主要用于计算遗传距离。

读入遗传距离：读入保存在磁盘上的遗传距离数据，可直接用于聚类计算。

数据归一化：当前矩阵中的数据按照“标准差标准化法”进行处理。注意：单击此命令后，处理后的数据将用于计算遗传距离和聚类。只有重新读取或查看原始数据后，才会恢复原始数据，然后根据原始数据计算遗传距离和聚类计算。

杂合度的计算：根据Nei's公式(1974)计算各品种的杂合度。

计算多态性：根据Nei的公式(1974)计算每个品种的多态性信息量。

欧氏距离的计算：将数据读入系统后，可以使用该命令根据罗杰公式计算品种间的遗传距离。注意：如果类别数(等位基因数)没有在定义矩阵中定义，系统默认为1。在这种情况下，计算的遗传距离与Mahalanobis公式计算的遗传距离相同。未注册用户最后三个品种的遗传距离不显示。

遗传距离的计算：将所有数据读入系统后，可以使用该命令根据Nei's公式(1983)计算品种间的遗传距离。未注册用户最后三个品种的遗传距离不显示。

聚类计算：在计算或读入遗传距离后，可以使用该命令根据P.H.A.Sneath等人(1973)的类平均聚类法(UPGMA法，也称为未加权算术平均配对聚类法)进行系统聚类。聚类结果显示，第一列的数字是序号，。。聚类时间。第二列d是距离系数；第3列和第4列breed1和breed2是参与聚类的两个品种，第5列Cluster是聚类后的新名称，第6列Content是两个品种的名称。未注册用户的最后3个聚类结果不会显示。

查看原始数据：将原始数据读入当前矩阵。并且标准化的数据被清除。

查看遗传距离：在当前矩阵中显示读取的遗传距离或计算的遗传距离。

查看聚类图：根据聚类后的结果自动绘制聚类图。

保存聚类图：将显示的聚类图作为图像文件保存到磁盘。未注册用户没有此功能！

保存矩阵：将当前矩阵保存到磁盘。如果当前矩阵是原始数据，则保存原始数据；如果是归一化数据，保存处理后的数据；如果是杂合性，杂合性保存；如果它是聚类res

数据导出：系统自动判断当前所有矩阵中包含的数据，并导出为Excel文件。未注册用户没有此功能！

安装方法

1.下载解压后的文件，找到JLFX.EXE，双击安装。

2.进入安装界面，点击下一步安装。

3.选择安装目录D:tools Desktop pc0359，用户也可以自行更改其他安装位置。

4.创建菜单文件夹聚类分析，可以帮助用户快速找到软件的位置。

5、创建桌面快捷方式，可以快速打开桌面上的软件，点击是。

6、安装预览，可以查看所有的安装信息。单击“上一步”进行修改。

7.安装正在进行，请稍候。

使用方法

1.安装完成后，点击桌面上的软件，打开如图所示的界面。

2.点击矩阵大小，可以控制数据矩阵，定义数据矩阵的大小，用“长宽”表示，X轴方向为变化量，Y轴为数据量；用罗杰公式计算遗传距离时只需根据需要输入分类号(位数)，系统默认值为“1”。如果输入“5”“4”和“2”，则表示有5个品种，4行数据，2个基因位点。该系统支持多达255个品种和9999条数据。

3.输入数据，将您的分析数据文件导入软件进行分析，并根据定义的矩阵创建空白矩阵。如果未定义矩阵大小，则根据当前矩阵大小创建一个空白矩阵。

4.数据归一化，可以自动对数据进行排版，并按照标准差标准化方法对当前矩阵中的数据进行处理。注意：单击此命令后，处理后的数据将用于计算遗传距离和聚类。只有重新读取或查看原始数据后，才会恢复原始数据，然后根据原始数据计算遗传距离和聚类计算。

5.计算命令。可以点击不同的计算项进行数据分析，有计算杂合度、计算多态性、计算欧氏距离、聚类计算等功能。

6.数据查看和保存命令，查看原始数据，查看遗传距离，保存聚类图，保存矩阵和数据导出。

运行环境

1.硬件环境：

硬件名称最低配置推荐配置

1).CPU CPU 586奔腾P或以上或兼容芯片。

2).内存大于32M 64M。

3).硬盘可用空间大于1m和10m。

4).显示VGA真彩色超级VGA或液晶显示器。

2.软件环境：

操作系统：Windows95/98/Me/Nt/2000/Xp。

并且安装了Excel97及以上的办公软件，否则无法将数据导出到Excel文件。

3.推荐使用：Win2000或Xp操作系统Office2000。该软件已通过win98和win2000的测试。如果不能正常运行，请联系作者。